Od niedługiego czasu mam problem z ftp. Otóż po wgraniu/modyfikacji plików nic się nie dzieje przez długi czas. Nawet po usunięciu plików strona wciąż "działała". Uruchomiłem jakąś opcję backupu ?

Najprawdopodobniej (choć nie za każdym razem) to kwestia pamięci podręcznej (tymczasowe pliki internetowe / cache) Twojej własnej przeglądarki.
Po dokonaniu zmian wyczyść pamięć podręczną swojej przeglądarki lub wymuś ponowne wczytanie wszystkich plików z serwera wciskając CTRL + F5.